【DNA Damage/DNA Repair 生物化合物】SCR7、RHPS4n、AZD6738、ORY-1001、RGFP966、Tubastatin A -APExBIO/apexbt

【DNA Damage/DNA Repair 生物化合物】

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APExBIO提供優質的胜肽和生物分析試劑，廣泛產品線如Protease、Chromatin/Epigenetics表觀遺傳學、MAPK Signal、DNA Damege/DNA repair、細胞凋亡、腫瘤生物學、Stem cell等研究領域，還提供定制的服務，包括多肽合成，抗體的生產和檢測的發展。產品線DNA/RNA prep kit、Drug Screening panel、Bioactive peptides、Growth factors、Biotinylation Reagents、tag peptides、amino Acids、Growth factors等。APExBIO產品質量都伴隨著證書的分析，高效液相色譜，質譜，和HMNR數據。APExBIO提供一系列DNA Damage/DNA Repair 生物化合物，包括SCR7、RHPS4n 、AZD6738、ORY-1001、RGFP966、Oxaliplatin、(S)-Crizotinib、Tubastatin A等系列商品。

APExBIO –DNA Damage/DNA Repair系列產品+236

盒子樣品

由於外部（exogenous, 外源性）和內部（endogenous, 內源性）壓力，人體細胞中的 DNA 每天會受到數以萬計的損害(damages)。外源性損害(exogenous damages)是由化學污染(chemical contamination)、紫外線(UV light)、電離輻射(ionizing radiation)和烷基化/甲基化(alkylation/methylation)等引起的，而內源性損害(endogenous damages)是由鹼的氧化(oxidation)、烷基化(alkylation)和水解(hydrolysis)等引起的。由於DNA損傷(double strand breaks)後會發生單鍊(single strand)和雙鏈斷裂(double strand breaks)，未修復的DNA損傷導致細胞衰老(cell senescent)、凋亡(apoptosis)和惡性腫瘤(malignancies)等。為了克服這種威脅，細胞產生了 DNA 損傷反應(DNA damage response)，以檢測 DNA 損傷並介導其修復(repair)。DNA修復(DNA repair )涉及錯配(mismatch)、鹼基切除(base excision)、核苷酸切除修復(nucleotide excision repair )等多種機制。一組蛋白質和途徑參與了這些過程。 ATM/ATR 激酶和 DNA-PK 對於檢測 DNA 損傷((DNA damage )至關重要。染色質重塑劑(Chromatin remodelers)調節 DNA 修復因子(DNA repair factors)發揮作用的染色質可及性(chromatin accessibility)。 RPA、Rad51 和範可尼貧血蛋白(fanconi anemia proteins )直接作用於修復 DNA 損傷(DNA damage)。 p53 network、RAS GTPase 超家族和泛素系統(ubiquitin system )也在 DNA 損傷反應中發揮重要作用。異常的 DNA 損傷反應(Aberrant DNA damage response)與衰老(aging)、癌症(cancer)和免疫疾病(immune diseases)有關。

AZD6738 | CAS#1352226-88-0 APExBIO 貨號B6007

ATR inhibitor

AZD6738 是一種選擇性 ATR（Ataxia Telangiectasia and RAD3-related, 共濟失調毛細血管擴張症和 RAD3 相關）抑制劑，對resting CLL 細胞的 IC50 約為 30 uM [1] [2]。ATR 是一種 PI3K 相關激酶。它參與DNA損傷的修復(repair)。在細胞分裂(cell division)過程中，它在單鏈 DNA 斷裂位(single strand DNA breaks)點被募集(recruited)和激活(activated)，以幫助啟動 DNA 修復(DNA repair) [1]。γH2AX 作為 DNA 損傷(DNA damage)的生物標誌物。在一個能夠複製的體外模型中，在開始使用 AZD6738 治療 70 小時後，γH2AX 信號持續存在 [1]。停滯的複制叉(Stalled replication forks)可能會破壞 DNA 雙鏈斷裂(DNA double stranded breaks)的形成和共濟失調毛細血管擴張症突變 (ataxia telangiectasia mutated , ATM) 激酶的激活。作為跨癌細胞系的單一藥物，AZD6738 具有活性。在缺乏 ATM 通路的細胞系中，AZD6738 的敏感性(sensitivity)增強 [3]。在 ATM 缺陷(ATM-deficient)但不精通 ATM 的體內模型中，單獨使用 AZD6738 治療可顯著抑制等效耐受劑量的腫瘤活性。電離輻射 (Ionizing radiation , IR) 是一種 DNA 損傷誘導劑。當AZD6738和IR一起使用時，觀察到消退或抗腫瘤生長抑制活性。在腫瘤組織中，AZD6738 與持續的 γH2AX 染色增加有關。在正常腸道組織(gut tissue)或骨髓(bone marrow)中，用 AZD6738 治療只會暫時增加 γH2AX 染色 [3]。

SCR7 | CAS#1533426-72-0 APExBIO 貨號A8705

DNA ligase IV inhibitor

Scr7 是一種 DNA 連接酶 IV 抑制劑(DNA ligase IV inhibitor)，最初被確定為一種抗癌劑 (anti-cancer agent)。Scr7 靶向 DNA 連接酶 IV 的 DNA 結合域(DNA binding domain)，降低其對雙鏈斷裂 (double strand breaks , DSB) 的親和力並抑制其功能。 Scr7 還抑制 DNA 連接酶 III（但不抑制 DNA 連接酶 I），儘管效率較低。用強力黴素處理細胞以誘導 Cas9 表達，用不同濃度的 Scr7 處理 24 小時。 Scr7 維持的細胞能夠進入 S/G2 期，這是 HDR 所必需的 [1]。用 Scr7 治療小鼠會影響淋巴細胞發育，因為 DNA 連接酶 IV(DNA ligase IV) 在通過 C-NHEJ16 進行 V(D)J 重組過程中編碼末端的連接中起關鍵作用。由於 Scr7 的非共價結合模式，Scr7 治療後淋巴細胞發育的缺陷是短暫的和可逆的。 Scr7 通過瞬時阻斷 NHEJ（依賴 DNA 連接酶 I 的 alt-NHEJ 除外）增強 HDR 的頻率，從而在培養細胞和小鼠中通過 CRISPR-Cas9 進行精確的基因組編輯(genome editing) [2]。

RHPS4n | CAS#390362-78-4 APExBIO貨號B6186

Telomerase inhibitor

RHPS4

IC50：M14 細胞在 5 天生長抑制試驗(growth inhibition assay)中約為 3 μM

RHPS4 是一種端粒酶抑制劑(telomerase inhibitor)。染色體末端(chromosome termini)的保護、降解(degradation)和重組(recombination)受端粒(telomeres)調控。最近的一個模型提出端粒(telomeres)可以在染色體末端(chromosome end)形成一個cap。因此，端粒帽的完整性(telomere cap integrity)應該是完整的，以允許細胞分裂(cell division)繼續進行。體外試驗：發現 RHPS4 對 UXF1138L 細胞的處理導致端粒酶催化亞基 (telomerase catalytic subunit, hTERT) 從細胞核中置換出來，誘導端粒啟動的 DNA 損傷信號傳導(f telomere-initiated DNA-damage signaling)以及染色體融合(chromosome fusions)。進一步報導了 RHPS4 對以集落形式(colonies)生長的癌細胞比以單層形式(monolayers)生長的細胞更有效。此外，人臍帶血(human cord blood)和HEK293T胚胎腎細胞(HEK293T embryonic kidney cell)集落的形成單位對RHPS4的抵抗力更強[1]。體內試驗：動物研究發現，與對照組相比，經 RHPS4 處理的 UXF1138L 異種移植物的克隆形成性降低、核 hTERT 表達缺失和有絲分裂異常的誘導。儘管單獨的 RHPS4 顯示出有限的體內功效，但與有絲分裂紡錘體毒物紫杉醇的聯合治療可導致腫瘤緩解並進一步增強端粒功能障礙 [1]。

Chen H, Sun H, et al. “Monitoring autophagy in live cells with a fluorescent light-up probe for G-quadruplex structures.” Chem Commun (Camb). 2019 Apr 25;55(35):5060-5063.PMID:30907894
SugeZhang, HongxiaSun, et al. “Evaluation of the selectivity of G-quadruplex ligands in living cells with a small molecule fluorescent probe.” Analytica Chimica Acta: X. Available online 23 April 2019, 100017.

ORY-1001| CAS#1431326-61-2 APExBIO 貨號B5882

Selective inhibitor of KDM1A.

賴氨酸 (K) 特異性去甲基化酶 1A (Lysine (K)-specific demethylase 1A , KDM1A，又名 LSD1) 是白血病幹細胞 (leukemia stem cell , LSC) 潛力的關鍵調節因子，是 MLL-AF9 致癌轉化(oncogenic transformation)所必需的。 KDM1A 表達或活性的抑制克服了 AML 中的分化阻滯。 ORY-1001 是 KDM1A 的選擇性抑制劑(selective inhibitor)。體外(In vitro)：ORY-1001 是一種對映體純的 KDM1A 抑制劑，對相關的 FAD 依賴性氨基氧化酶具有高選擇性。 ORY-1001 不會抑制非相關組蛋白修飾物(non-related histone modifiers)，並且在 CEREP 多樣性面板中是乾淨的。用 ORY-1001 處理 THP-1 細胞會導致 KDM1A 靶基因處的時間/劑量依賴性 me2H3K4 積累，並伴隨誘導分化標誌物 [1]。體內(In vivo)：每日口服劑量 < 0.020 mg/kg 可顯著降低囓齒動物異種移植物(rodent xenografts)中的腫瘤生長。體內研究表明，ORY-1001 具有優異的口服生物利用度、靶向暴露和體內活性 [1]。臨床試驗： Oryzon Genomics 宣布其 ORY-1001 I 期臨床試驗擴展隊列（第 2 部分）中第一位患者的給藥。該試驗將在西班牙、英國和法國的 10 個中心進行。

1. Hoang N, Zhang X, et al. “New histone demethylase LSD1 inhibitor selectively targets teratocarcinoma and embryonic carcinoma cells.” Bioorg Med Chem. 2018 Feb 7. pii: S0968-0896(17)31942-9. PMID:29439916

Oxaliplatin | CAS#61825-94-3 APExBIO 貨號A8648

Antitumor agent.

Oxaliplatin主要通過符合 DNA 加合物來抑制 DNA 合成。Oxaliplatin是一種鉑化合物(platinum compounds)，具有廣譜的抗腫瘤活性(anti-tumor activity)，並且已證明與其他鉑化合物(platinum compounds)缺乏交叉耐藥性。Oxaliplatin誘導導致細胞凋亡(cell apoptosis)的原發性和繼發性 DNA 損傷。

體外：Oxaliplatin對人黑色素瘤細胞系(melanoma cell lines) C32 和 G361 具有活性，IC50 值分別為 0.98 mM 和 0.14 mM。Oxaliplatin有效抑制膀胱癌細胞系(bladder carcinoma cell lines) RT4 和 TCCSUP、卵巢癌細胞系 (ovarian carcinoma cell line )A2780、結腸癌細胞系 HT-29(colon carcinoma cell line)、膠質母細胞瘤細胞系(glioblastoma cell lines) U-87MG 和 U-373MG，以及黑色素瘤細胞系(melanoma cell lines) SK-MEL-2 和 HT-144 IC50 值分別為 11 μM、15 μM、0.17 μM、0.97 μM、17.6 μM、2.95 μM、30.9 μM 和 7.85 μM。

臨床試驗：在轉移性結直腸癌患者中，與氟尿嘧啶/亞葉酸聯用，Oxaliplatin作為一線治療和對先前化療無效的患者均顯示出對轉移性結直腸癌的活性。此外，Oxaliplatin在鉑類預處理的卵巢癌、非霍奇金淋巴瘤、乳腺癌、間皮瘤和非小細胞肺癌患者中也顯示出療效。

Oxaliplatin | CAS#61825-94-3 APExBIO 貨號A8648

Antitumor agent.

(S)-Crizotinib | CAS#877399-52-5;1374356-45-2 APExBIO 貨號A8802

Potent MTH1 inhibitor

(S)-crizotinib 選擇性抑制 MTH1 催化活性，IC50 為 72 nM，而臨床使用的 (R)-對映異構體無活性，IC50 為 1375 nM。此外，與 (R)-對映異構體相比，直接結合測定 (ITC) 表明 (S)-對映異構體對 MTH1 的親和力高 16 倍。通過使用 Km 濃度的底物，(S)-crizotinib 和 MTH1 底物 8-oxo-dGTP 和 2-OH-dATP 的平均 IC50 值分別為 330 nM 和 408 nM。 (S)-crizotinib 有效抑制 SW480 細胞和 KRAS 突變的 PANC1 細胞的集落形成，類似於 SCH51344。此外，體外 Kd 測量表明，(S)-克唑替尼對既定靶標 ALK、MET 和 ROS1 的效力遠低於 (R)-對映異構體。 (S)-crizotinib 未檢測到對 SW480 細胞增殖的任何顯著影響，並且對 SV40T 和 KRASV12 細胞具有最高的毒性。 (S)-crizotinib 與 (R)-crizotinib 相比，有效地穩定了 MTH1，使用細胞熱位移測定驗證了 BJ-KRASV12 細胞內的差異靶向。 (S)-crizotinib 誘導 DNA 單鏈斷裂增加，激活人結腸癌細胞(human colon carcinoma cells)中的 DNA 修復(DNA repair)，並有效抑制動物模型中的腫瘤生長(tumour growth)，這是通過 MTH1 抑制破壞核苷酸池穩態(nucleotide pool homeostasis)的結果。體內小鼠異種移植研究表明，(S)-克唑替尼，而不是 (R)-對映異構體，能夠損害整體腫瘤進展，並特別減少腫瘤體積超過 50%。

Tubastatin A | CAS#1252003-15-8 APExBIO 貨號A4101

HDAC6 inhibitor,potent and selective

組蛋白去乙醯化酶 (Histone deacetylases , HDACs) 和組蛋白乙醯轉移酶 (histone acetyltransferases , HATs) 介導組蛋白去乙醯化(histone deacetylation)和乙醯化(acetylation)之間的平衡。 HDAC 還調節信號分子(signaling molecules)、伴侶蛋白(chaperones)和非組蛋白(non-histone proteins)轉錄因數的乙醯化狀態 [2]。 HDAC6 與分子伴侶 HSP90 相互作用。 HDAC6 對 HSP90 的去乙醯化對穩定性和許多客戶蛋白（包括 Bcr-Abl、c-Raf 和 AKT）的穩定性很重要。因此，HDAC抑制劑具有抗癌作用(anti-cancer function )[2]。與其他 HDAC 相比，Tubastatin A 是 HDAC6 的選擇性抑制劑(selective inhibitor)。 Tubastatin A 的選擇性比 I 類 HDAC 平均高 200 倍。 Tubastatin A 對除 HDAC8 以外的所有同種型均表現出選擇性超過1000倍。 Tubastatin A 以劑量依賴性方式(dose-dependent manner)保護免受 HCA 誘導的神經元細胞死亡(neuronal cell death)。 Tubastatin A 在 2.5 μM [1] 時誘導 -tubulin 的高乙醯化。在 LPS 刺激的人類 THP-1 巨噬細胞中，Tubastatin A 顯示出對 IL-6 和 TNF 的顯著抑制作用，IC50 為 712 nM 和 212 nM [3]。 Tubastatin A 在小鼠 Raw 264.7 巨噬細胞中顯示出抑制一氧化氮 (NO) 分泌的作用，IC50 為 4.2μM [3]。 Tubastatin-A 還在 KMCH 細胞中顯著抑制 10μM 的細胞增殖 [4]。

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DNA Damage/DNA Repair	CAS#	#貨號	應用
SCR7	CAS#1533426-72-0	貨號A8705	DNA ligase IV inhibitor
RHPS4n	CAS#390362-78-4	貨號B6186	Telomerase inhibitor
AZD6738	CAS#1352226-88-0	貨號B6007	ATR inhibitor
ORY-1001	CAS#1431326-61-2	貨號B5882	Selective inhibitor of KDM1A.
RGFP966	CAS#1357389-11-7;1396841-57-8	貨號A8803	Specific HDAC3 inhibitor
Oxaliplatin	CAS#61825-94-3	貨號A8648	Antitumor agent
(S)-Crizotinib	CAS#877399-52-5;1374356-45-2	貨號A8802	Potent MTH1 inhibitor
Tubastatin A	CAS#1252003-15-8	貨號A4101	HDAC6 inhibitor,potent and selective